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monocle2 BEAM分析报错，修改源码，提供修改后的安装包

为解析单细胞转录组数据中细胞命运分化的关键调控节点，Monocle2的BEAM（Branched Expression Analysis Modeling）分析方法通过构建分支依赖的广义线性模型，识别在轨迹分支点附近呈现显著表达模式差异的基因群。

具体流程包括：

（1）基于DDRTree算法构建细胞分化轨迹后，使用BEAM()函数对拟时序分支点进行统计学建模，设置branch_point参数指定目标分支节点；

（2）通过fullModelFormulaStr参数定义分支效应模型，结合似然比检验评估基因表达变化与分支事件的关联性，筛选满足显著性阈值（q-value <0.01）的差异基因；

（3）利用plot_genes_branched_heatmap()函数对关键基因进行聚类可视化，揭示基因表达模式在分支路径上的动态演变规律。通过KEGG/GO富集分析进一步解析这些基因的生物学功能，最终鉴定驱动细胞命运决定的关键信号通路。该方法的优势在于能够区分分支特异性表达基因与拟时序连续变化的基因，为揭示细胞分化异质性提供分子机制层面的证据。

在前一次的源码修改中解决了大部分的报错问题，但是在做BEAM分析的时候由于默认参数未填写，作者在函数说明中也未写明该参数而是用...表示，说明BEAM可以接受数量不定的参数

progenitor_method参数需要指定为sequential_split或者duplicate，而作者把两个方法都写上去了c('sequential_split', 'duplicate')，因此报错，因为只能指定一种方法

代码语言：bash复制
monocle::BEAM(
  cds, 
  branch_point = 1, 
  cores = 32,
  progenitor_method=c('sequential_split', 'duplicate')[1]
)

如果还有新的报错，我会更新monocle2的安装包，可以使用以下代码安装，安装包可以加我获取

（18983376561）

代码语言：arkts复制
install.packages('remotes')
remotes::install_local('monocle_2.34.0.tgz')

monocle2 BEAM分析报错，修改源码，提供修改后的安装包

为解析单细胞转录组数据中细胞命运分化的关键调控节点，Monocle2的BEAM（Branched Expression Analysis Modeling）分析方法通过构建分支依赖的广义线性模型，识别在轨迹分支点附近呈现显著表达模式差异的基因群。

具体流程包括：

（1）基于DDRTree算法构建细胞分化轨迹后，使用BEAM()函数对拟时序分支点进行统计学建模，设置branch_point参数指定目标分支节点；

（2）通过fullModelFormulaStr参数定义分支效应模型，结合似然比检验评估基因表达变化与分支事件的关联性，筛选满足显著性阈值（q-value <0.01）的差异基因；

（3）利用plot_genes_branched_heatmap()函数对关键基因进行聚类可视化，揭示基因表达模式在分支路径上的动态演变规律。通过KEGG/GO富集分析进一步解析这些基因的生物学功能，最终鉴定驱动细胞命运决定的关键信号通路。该方法的优势在于能够区分分支特异性表达基因与拟时序连续变化的基因，为揭示细胞分化异质性提供分子机制层面的证据。

在前一次的源码修改中解决了大部分的报错问题，但是在做BEAM分析的时候由于默认参数未填写，作者在函数说明中也未写明该参数而是用...表示，说明BEAM可以接受数量不定的参数

progenitor_method参数需要指定为sequential_split或者duplicate，而作者把两个方法都写上去了c('sequential_split', 'duplicate')，因此报错，因为只能指定一种方法

代码语言：bash复制
monocle::BEAM(
  cds, 
  branch_point = 1, 
  cores = 32,
  progenitor_method=c('sequential_split', 'duplicate')[1]
)

如果还有新的报错，我会更新monocle2的安装包，可以使用以下代码安装，安装包可以加我获取

（18983376561）

代码语言：arkts复制
install.packages('remotes')
remotes::install_local('monocle_2.34.0.tgz')

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