用RefSeq Masher Contains快速检测样本污染或解析宏基因组

admin管理员组

文章数量:1035892

用RefSeq Masher Contains快速检测样本污染或解析宏基因组

当你在处理一份土壤样本的宏基因组数据时，突然发现测序结果中出现意料之外的微生物信号——是样本污染？还是新物种的线索？这时候，你需要快速扫描整个NCBI RefSeq数据库以检测污染源。RefSeq Masher Contains正是这样一款利器，它能在数小时内从数万基因组中定位出样本中潜藏的微生物身份。本文将为你揭开这款工具的神秘面纱，首先我们先来了解下REFSEQ数据库。

REFSEQ（Reference Sequence Database）数据库是由NCBI（美国国家生物技术信息中心）提供的一组经过校正的标准序列数据库，其包含了来自多种生物的染色体、基因组、RNA、蛋白质等序列信息。各类序列均配有专属标识：基因组序列前缀为“NC_”，转录组序列则为“NM_”或“NR_”，而蛋白质序列以“NP_”起始。REFSEQ数据库主要目标是提供一个非冗余（即没有重复序列）且高质量的基因组、基因、蛋白质等数据资源，供科学家进行医学、基因功能以及比较基因组研究。

下来就一起来学习RefSeq Masher Contains！

功能特点

核心功能

RefSeq Masher Contains是基于Mash算法的基因组筛查工具，其核心功能是通过序列包含性分析，快速识别输入数据中可能存在的NCBI RefSeq参考基因组。它的两大应用场景尤为突出：

1. 1. 污染检测：利用该工具筛查测序数据中的外源微生物污染。
2. 2. 宏基因组解析：对未拼接的原始测序数据（FASTQ文件）直接分析，快速勾勒样本微生物组成图谱。

三重技术优势

1. 1. k-mer哈希转换：将DNA序列切割为固定长度的k-mer片段（默认k=21），通过哈希函数生成数字指纹
2. 2. 概率学比对：通过Jaccard指数计算共享哈希比例，结合p值验证显著差异，准确率误差<0.1%
3. 3. 并行计算架构：支持多线程加速（--parallelism参数），实测处理Illumina双端测序数据速度可达每分钟1GB

结果解读

输出表格包含15+个分类学字段：

关键字段	生物学意义
identity	基因组覆盖度（0-1）
median_multiplicity	测序深度中位数
taxonomic_species	最细物种分类
assembly_accession	参考基因组编号

总结

RefSeq Masher Contains通过创新的算法设计，在速度与精度之间实现了完美平衡。无论是实验室的污染排查，还是临床样本的快速病原鉴定，它都能为研究者提供第一时间的基因线索。随着NCBI RefSeq数据库的持续扩容（每年新增约5000基因组），这种轻量级筛查工具的价值将愈加凸显。目前RefSeq Masher Contains已整合至 Galaxy云平台（网址：usegalaxy） ，为不熟悉命令行操作的用户提供可视化界面。

本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划，分享自微信公众号。原始发表：2025-03-17，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent 删除contains工具数据算法数据库

用RefSeq Masher Contains快速检测样本污染或解析宏基因组

当你在处理一份土壤样本的宏基因组数据时，突然发现测序结果中出现意料之外的微生物信号——是样本污染？还是新物种的线索？这时候，你需要快速扫描整个NCBI RefSeq数据库以检测污染源。RefSeq Masher Contains正是这样一款利器，它能在数小时内从数万基因组中定位出样本中潜藏的微生物身份。本文将为你揭开这款工具的神秘面纱，首先我们先来了解下REFSEQ数据库。

REFSEQ（Reference Sequence Database）数据库是由NCBI（美国国家生物技术信息中心）提供的一组经过校正的标准序列数据库，其包含了来自多种生物的染色体、基因组、RNA、蛋白质等序列信息。各类序列均配有专属标识：基因组序列前缀为“NC_”，转录组序列则为“NM_”或“NR_”，而蛋白质序列以“NP_”起始。REFSEQ数据库主要目标是提供一个非冗余（即没有重复序列）且高质量的基因组、基因、蛋白质等数据资源，供科学家进行医学、基因功能以及比较基因组研究。

下来就一起来学习RefSeq Masher Contains！

功能特点

核心功能

RefSeq Masher Contains是基于Mash算法的基因组筛查工具，其核心功能是通过序列包含性分析，快速识别输入数据中可能存在的NCBI RefSeq参考基因组。它的两大应用场景尤为突出：

1. 1. 污染检测：利用该工具筛查测序数据中的外源微生物污染。
2. 2. 宏基因组解析：对未拼接的原始测序数据（FASTQ文件）直接分析，快速勾勒样本微生物组成图谱。

三重技术优势

1. 1. k-mer哈希转换：将DNA序列切割为固定长度的k-mer片段（默认k=21），通过哈希函数生成数字指纹
2. 2. 概率学比对：通过Jaccard指数计算共享哈希比例，结合p值验证显著差异，准确率误差<0.1%
3. 3. 并行计算架构：支持多线程加速（--parallelism参数），实测处理Illumina双端测序数据速度可达每分钟1GB

结果解读

输出表格包含15+个分类学字段：

关键字段	生物学意义
identity	基因组覆盖度（0-1）
median_multiplicity	测序深度中位数
taxonomic_species	最细物种分类
assembly_accession	参考基因组编号

总结

RefSeq Masher Contains通过创新的算法设计，在速度与精度之间实现了完美平衡。无论是实验室的污染排查，还是临床样本的快速病原鉴定，它都能为研究者提供第一时间的基因线索。随着NCBI RefSeq数据库的持续扩容（每年新增约5000基因组），这种轻量级筛查工具的价值将愈加凸显。目前RefSeq Masher Contains已整合至 Galaxy云平台（网址：usegalaxy） ，为不熟悉命令行操作的用户提供可视化界面。

本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划，分享自微信公众号。原始发表：2025-03-17，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent 删除contains工具数据算法数据库

本文标签： 用RefSeq Masher Contains快速检测样本污染或解析宏基因组