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GEO数据挖掘—处理Affymetrix的表达量芯片的cel文件

GEO数据挖掘—处理Affymetrix的表达量芯片的cel文件

今天处理了一个基于芯片的转录组数据GSE28413，遇到点问题，这里记录下

拿到这个编号首先按照正常的处理流程走

代码语言：r复制
rm(list = ls())
#打破下载时间的限制,改前60秒，改后10w秒
options(timeout = 100000) 
#options(scipen = 20)#不要以科学计数法表示

#传统下载方式
library(GEOquery)
eSet = getGEO("GSE28413", destdir = '.', getGPL = F)
#网速太慢，下不下来怎么办
#1.从网页上下载/发链接让别人帮忙下，放在工作目录里
#2.试试geoChina,只能下载2019年前的表达芯片数据
#library(AnnoProbe)
#eSet = geoChina("GSE7305") #选择性代替第8行
#研究一下这个eSet
class(eSet)
length(eSet)
eSet = eSet[[1]] 
class(eSet)
#(1)提取表达矩阵exp
exp <- exprs(eSet)
#⭐第一个要检查的地方
GEO数据挖掘—处理Affymetrix的表达量芯片的cel文件


GEO数据挖掘—处理Affymetrix的表达量芯片的cel文件
今天处理了一个基于芯片的转录组数据GSE28413，遇到点问题，这里记录下
拿到这个编号首先按照正常的处理流程走
代码语言：r复制
rm(list = ls())
#打破下载时间的限制,改前60秒，改后10w秒
options(timeout = 100000) 
#options(scipen = 20)#不要以科学计数法表示

#传统下载方式
library(GEOquery)
eSet = getGEO("GSE28413", destdir = '.', getGPL = F)
#网速太慢，下不下来怎么办
#1.从网页上下载/发链接让别人帮忙下，放在工作目录里
#2.试试geoChina,只能下载2019年前的表达芯片数据
#library(AnnoProbe)
#eSet = geoChina("GSE7305") #选择性代替第8行
#研究一下这个eSet
class(eSet)
length(eSet)
eSet = eSet[[1]] 
class(eSet)
#(1)提取表达矩阵exp
exp <- exprs(eSet)
#⭐第一个要检查的地方

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                GEO数据挖掘处理Affymetrix的表达量芯片的cel文件

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