你真的会管理R包吗

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你真的会管理R包吗

原先已有《玩转服务器》系列推文，作为互补，《玩崩服务器》这个系列主要介绍用户在使用服务器的时候一些错误操作，这些操作可能导致用户账号无法正常登陆、命令正常使用、环境丢失、R包无法正常安装或使用。同时给出这些问题的解决方法。

背景简介

一般来说，常见的R包安装方法有以下几种：

代码语言：txt复制

# 1.安装官方CRAN仓库中的稳定版本包 
install.packages("Rpkg") 
 
# 2.从Bioconductor安装（生信R包） 
if(!require("BiocManager", quietly = TRUE)) 
    install.packages("BiocManager") 
BiocManager::install("Rpkg") 
 
# 3.从GitHub安装（开发版或非CRAN包） 
install.packages("devtools")# 或 remotes 
devtools::install_github("用户名/仓库名") 
# 示例：安装dplyr的开发版 
devtools::install_github("tidyverse/dplyr") 

对于共享服务器，用户安装的R包会默认保存在 ~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.4/，最后的 4.4 根据R语言的版本不同而不同。同时，共享服务器还提供了上千的公共R包，路径在 /refdir/Rlibs，如果想要调用服务器的公共R包，则必须在 .libPaths() 中添加公共R包路径。有两种方法：

【1】需要每次登陆服务器中都设置一下：直接在 .libPaths() 中添加服务器公共R包的路径即可。但是这样设置仅仅是当前R会话生效，当会话重启或者切换了其他项目 Rproj 之后就会失效。

代码语言：txt复制

.libPaths(c('~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.4', 
'/refdir/Rlib', 
'/usr/local/lib/R/library')) 

【2】一次设置长期有效： ssh 登录服务器创建一个 ~/.Rprofile（R语言配置文件），然后在这个文件中输入你要调用R包的位置即可。设置好了之后，重启 Rsession 即可生效。示例代码如下：

代码语言：txt复制

echo ".libPaths(c('~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.4', 
'/refdir/Rlib', 
'/usr/local/lib/R/library'))">>~/.Rprofile 

但是这里有一个注意点，一般服务器的R语言版本是半年或一年更新一次，公共R包也会同步更新。每次更新会提前通知，更新后则需要用户自行更新个人目录下的R包，需要再重新修改 ~/.Rprofile。

问题描述

用户在安装 celldex 遇到报错：

报错提示依赖R包版本不兼容，但是重新安装依赖R包还是会报同样的错。

解决方法

检查发现，用户的 ~/.Rprofile 的 .libPaths() 和在Rstudio里的 .libPaths() 设置并不一样，前者用了4.3，后者用了4.4：

而部分R包在安装过程中，会调用你的 ~/.Rprofile，这就导致了各种兼容性报错。

因此，要解决该问题，就要修改 ~/.Rprofile 的 .libPaths() 为 4.4 ，然后再把已经安装的依赖包，删掉重装。因为这些R包，是在之前4.3的情况下安装的，版本不兼容4.4。

代码语言：txt复制

# 删除依赖包 
remove.packages("alabaster.base",  
                lib="~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.4") 
remove.packages("alabaster.matrix",  
                lib="~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.4") 
# 重新安装 celldex 
BiocManager::install('celldex') 

实际上， ~/.Rprofile 和 .libPaths() 并不是在 Linux系统中特有的，在 Windows 和 Mac 环境下，也经常会用到这两者，只不过很多人在学习R语言的过程中忽视了它们。

本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划，分享自微信公众号。原始发表：2025-04-25，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent 删除系统服务器管理兼容性开发

你真的会管理R包吗

原先已有《玩转服务器》系列推文，作为互补，《玩崩服务器》这个系列主要介绍用户在使用服务器的时候一些错误操作，这些操作可能导致用户账号无法正常登陆、命令正常使用、环境丢失、R包无法正常安装或使用。同时给出这些问题的解决方法。

背景简介

一般来说，常见的R包安装方法有以下几种：

代码语言：txt复制

# 1.安装官方CRAN仓库中的稳定版本包 
install.packages("Rpkg") 
 
# 2.从Bioconductor安装（生信R包） 
if(!require("BiocManager", quietly = TRUE)) 
    install.packages("BiocManager") 
BiocManager::install("Rpkg") 
 
# 3.从GitHub安装（开发版或非CRAN包） 
install.packages("devtools")# 或 remotes 
devtools::install_github("用户名/仓库名") 
# 示例：安装dplyr的开发版 
devtools::install_github("tidyverse/dplyr") 

对于共享服务器，用户安装的R包会默认保存在 ~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.4/，最后的 4.4 根据R语言的版本不同而不同。同时，共享服务器还提供了上千的公共R包，路径在 /refdir/Rlibs，如果想要调用服务器的公共R包，则必须在 .libPaths() 中添加公共R包路径。有两种方法：

【1】需要每次登陆服务器中都设置一下：直接在 .libPaths() 中添加服务器公共R包的路径即可。但是这样设置仅仅是当前R会话生效，当会话重启或者切换了其他项目 Rproj 之后就会失效。

代码语言：txt复制

.libPaths(c('~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.4', 
'/refdir/Rlib', 
'/usr/local/lib/R/library')) 

【2】一次设置长期有效： ssh 登录服务器创建一个 ~/.Rprofile（R语言配置文件），然后在这个文件中输入你要调用R包的位置即可。设置好了之后，重启 Rsession 即可生效。示例代码如下：

代码语言：txt复制

echo ".libPaths(c('~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.4', 
'/refdir/Rlib', 
'/usr/local/lib/R/library'))">>~/.Rprofile 

但是这里有一个注意点，一般服务器的R语言版本是半年或一年更新一次，公共R包也会同步更新。每次更新会提前通知，更新后则需要用户自行更新个人目录下的R包，需要再重新修改 ~/.Rprofile。

问题描述

用户在安装 celldex 遇到报错：

报错提示依赖R包版本不兼容，但是重新安装依赖R包还是会报同样的错。

解决方法

检查发现，用户的 ~/.Rprofile 的 .libPaths() 和在Rstudio里的 .libPaths() 设置并不一样，前者用了4.3，后者用了4.4：

而部分R包在安装过程中，会调用你的 ~/.Rprofile，这就导致了各种兼容性报错。

因此，要解决该问题，就要修改 ~/.Rprofile 的 .libPaths() 为 4.4 ，然后再把已经安装的依赖包，删掉重装。因为这些R包，是在之前4.3的情况下安装的，版本不兼容4.4。

代码语言：txt复制

# 删除依赖包 
remove.packages("alabaster.base",  
                lib="~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.4") 
remove.packages("alabaster.matrix",  
                lib="~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.4") 
# 重新安装 celldex 
BiocManager::install('celldex') 

实际上， ~/.Rprofile 和 .libPaths() 并不是在 Linux系统中特有的，在 Windows 和 Mac 环境下，也经常会用到这两者，只不过很多人在学习R语言的过程中忽视了它们。

本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划，分享自微信公众号。原始发表：2025-04-25，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent 删除系统服务器管理兼容性开发

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